Плата за один отрезок обучения [оплата обучения за семестр или другой отрезок академического года в зависимости от контекста: также это может быть триместр или четверть] возмещается за счет стоимости третьего отрезка обучения.

Могу предположить, что здесь говорится об определённой залоговой/остаточной сумме, которая вычитается из стоимости третьего семестра/триместра/четверти.